我们都知道《权利的游戏》在全世界都很多忠实的粉丝,除去你永远不知道剧情下一秒谁会挂这种意外“惊喜”,当中复杂交错的人物关系也是它火爆的原因之一,而本文介绍如何通过 NetworkX 访问开源的分布式图数据库 Nebula Graph,并借助可视化工具—— Gephi 来可视化分析《权力的游戏》中的复杂的人物图谱关系。
本文的数据集来源:冰与火之歌第一卷(至第五卷)[1]
这样的点集和边集构成一个图网络,这个网络存储在图数据库 Nebula Graph [2]中。
我们使用 NetworkX [3] 内置的社区发现算法 Girvan-Newman 来为我们的图网络划分社区。
以下为「社区发现算法 Girvan-Newman 」解释:
网络图中,连接较为紧密的部分可以被看成一个社区。每个社区内部节点之间有较为紧密的连接,而在两个社区间连接则较为稀疏。社区发现就是找到给定网络图所包含的一个个社区的过程。
Girvan-Newman 算法即是一种基于介数的社区发现算法,其基本思想是根据边介数中心性( edge betweenness )从大到小的顺序不断地将边从网络中移除直到整个网络分解为各个社区。因此,Girvan-Newman 算法实际上是一种分裂方法。
Girvan-Newman 算法的基本流程如下: ( 1 )计算网络中所有边的边介数; ( 2 )找到边介数最高的边并将它从网络中移除; ( 3 )重复步骤 2,直到每个节点成为一个独立的社区为止,即网络中没有边存在。
概念解释完毕,下面来实操下。
comp = networkx.algorithms.community.girvan_newman(G)
k = 7
limited = itertools.takewhile(lambda c: len(c) <= k, comp)
communities = list(limited)[-1]
community_dict = {}
community_num = 0
for community in communities:
for character in community:
community_dict[character] = community_num
community_num += 1
nx.set_node_attributes(G, community_dict, 'community')
下面我们来调整下节点大小及节点上标注的角色姓名大小,我们使用 NetworkX 的 Betweenness Centrality 算法来决定节点大小及节点上标注的角色姓名的大小。
图中各个节点的重要性可以通过节点的中心性( Centrality )来衡量。在不同的网络中往往采用了不同的中心性定义来描述网络中节点的重要性。Betweenness Centrality 根据有多少最短路径经过该节点,来判断一个节点的重要性。
betweenness_dict = nx.betweenness_centrality(G) # Run betweenness centrality
nx.set_node_attributes(G, betweenness_dict, 'betweenness')
边的粗细直接由边的权重属性来决定。
通过上面的处理,现在,我们的节点拥有 name 、community 、betweenness 三个属性,边只有一个权重 weight 属性。
下面显示一下:
import matplotlib.pyplot as plt
color = 0
color_map = ['red', 'blue', 'yellow', 'purple', 'black', 'green', 'pink']
for community in communities:
nx.draw(G, pos = nx.spring_layout(G, iterations=200), nodelist = community, node_size = 100, node_color = color_map[color])
color += 1
plt.savefig('./game.png')
emmm,有点丑…
虽然 NetworkX 本身有不少可视化功能,但 Gephi [4] 的交互和可视化效果更好。
现在将上面的 NetworkX 数据导出为 game.gephi 文件,并导入 Gephi 。
nx.write_gexf(G, 'game.gexf')
在 Gephi 中打开刚才导出的 game.gephi
文件,然后微调 Gephi 中的各项参数,就以得到一张满意的可视化:
由尺寸调整
选项可以尽量避免节点重叠:Force Atlas 为力引导布局,力引导布局方法能够产生相当优美的网络布局,并充分展现网络的整体结构及其自同构特征。力引导布局即模仿物理世界的引力和斥力,自动布局直到力平衡。
在外观-节点-颜色-Partition 中选择 community (这里的 community 就是我们刚才为每个点添加的社区编号属性)
在外观-节点-大小-Ranking 中选择 betweenness (这里的 betweenness 就是我们刚才为每个点添加的 betweenness 属性)
在外观-边-大小-Ranking 中选择边的权重
大功告成,一张权力游戏的关系谱图上线 :) 每个节点可以看到对应的人物信息。
本篇主要介绍如何使用 NetworkX,并通过 Gephi 做可视化展示。下一篇将介绍如何通过 NetworkX 访问图数据库 Nebula Graph 中的数据。
本文的代码可以访问[5]。
致谢:本文受工作 [6] 的启发
[1] https://www.kaggle.com/mmmarchetti/game-of-thrones-dataset
[2] https://github.com/vesoft-inc/nebula
[3] https://networkx.github.io/
[5] https://github.com/jievince/nx2gephi
[6] https://www.lyonwj.com/2016/06/26/graph-of-thrones-neo4j-social-network-analysis/
作者有话说:Hi,我是王杰,是图数据 Nebula Graph 研发工程师,希望本次的经验分享能给大家带来帮助,如有不当之处也希望能帮忙纠正,谢谢~
1
matepi 2020-08-19 15:15:27 +08:00
好多年前用过 Gephi,现在可视化这块好久没看过了
d3.js 之类的发展,有没有比 Gephi 更有趣更自定义化的套件出来? |
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dk7952638 2020-08-19 16:39:37 +08:00
Nebula 咋样?生产环境能上么
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3
NebulaGraph OP @dk7952638 1.0 可以呀,美团、小红书这些公司都上了 😊 可以看看他们的证词: https://discuss.nebula-graph.com.cn/t/topic/789
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4
zzl22100048 2020-08-19 17:32:03 +08:00
@NebulaGraph 等一手 cypher 支持
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5
NebulaGraph OP @zzl22100048 2.0 会支持 opencypher,在路上在路上了
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