你这个担心是两个方面。
1 ，多个录入的指纹，视作同等。尤其是除了解锁之外，在其他应用中绑定时。
2 ，指纹的可仿造／复制。
第 2 个问题可以引申另 2 个问题：
1 ）指纹安全中的特征值保存和泄漏。某手机厂商干过这件事，保存用户指纹拷贝，被曝光。
2 ）指纹验证请求时，任何一个指纹都可以验证通过，即验证信息传递。某些手机厂商采用一个手机型号一个密钥管理形式。一旦密钥泄漏，所有用户遭殃。

针对以上问题:
1 ） iOS 平台只提供 TouchID 接口，无法改变。留给用户／第三方应用或服务安全策略的选择只有选择，用或不用。
2 ） Android 平台，由于 TEE （ Trustzone ）模块独立以及行业垂直，腾讯微信团队在推动的 SOTER ，生物识别验证方案，联合高通 QSEE ， MTK&Trustonic 以及豆荚，国内国际手机厂商（包括出货海外），共同从 TEE 最底层开始，定义了非常严格安全等级方案，并且把该方案通过微信开放平台开放至第三方应用直接调用。可以搜索关注公众号： wecooper

SOTER 完美地解决了 Android 平台上指纹验证安全问题，推动从芯片厂商至手机厂商在 TEE 部署和开发的统一。有意向接入使用的 App 开发者，可以联系了解。